Este artigo descreve a epidemiologia da dengue na cidade de Yogyakarta, na Indonésia, como um prelúdio para a implementação de um estudo randomizado de cluster de Wolbachia para o biocontrole da transmissão arboviral. Os registros de vigilância mostram que os pacientes hospitalizados diagnosticados com febre hemorrágica da dengue ou síndrome do choque da dengue eram predominantemente crianças/adolescentes. A maioria (68%) das crianças com idade entre 1 e 10 anos tinha anticorpos que indicavam exposição anterior à dengue. Juntos, esses resultados demonstram uma alta taxa de transmissão de dengue em Yogyakarta. Uma pesquisa de mobilidade indicou que as crianças de 1 a 10 anos de idade passavam a maior parte do dia em casa. As descobertas desses estudos descritivos informam o projeto de ensaios clínicos para medir o impacto de novos métodos de controle de vetores, fornecendo dados de base sobre a incidência da doença e identificando subpopulações para recrutamento em estudos prospectivos de infecção e doença pelo vírus da dengue.